Dem Urteil des Bundesgerichts 2C_557/2017 vom 7. August 2018 lag folgender (verkürzter) Sachverhalt zugrunde:
Die A_AG verkaufte 2008 ihre Beteiligung von 28% an der belgischen B_NV zum Buchwert (= Steuerwert = Gestehungskosten) von EUR 20.4 Mio. an ihre belgische Tochtergesellschaft A_NV. Im Jahre 2009 zeigte sich, dass eine solche Transaktion eine belgische Steuer zum Satz von 34% zwischen der Differenz des Buch- und des Verkehrswerts auslöste. Die A_AG legte dies der Steuerverwaltung des Kantons Bern offen und und teilte die Absicht mit, dass der Kaufvertrag ergänzt werden soll. Eine solche ergänzende Vereinbarung wurde danach auch zwischen der A_AG und der A_NV abgeschlossen (Erhöhung Kaufpreis auf Verkehrswert von EUR 108 Mio. = Nachzahlung von EUR 87.6 Mio.). In der Steuererklärung 2008 deklarierte die A_AG keinen Gewinn aus dem Beteiligungsverkauf und wies die Beteiligung an der B_NV im Anhang mit EUR 0.- aus. In der Steuererklärung 2009 deklarierte die A_AG die Zahlung von EUR 87.6 Mio. als Kapitalgewinn aus der Veräusserung ihrer Beteiligung an der B_NV und beanspruchte dafür einen Beteiligungsabzug.
Die Steuerverwaltung veranlagte die A_AG für 2009 und korrigierte den Beteiligungsabzug auf CHF 0.-. Hintergrund dieser Korrektur war die Auffassung der Steuerverwaltung, wonach im Umfang von EUR 87.6 Mio. kein Beteiligungsertrag aus Beteiligungsverkauf vorliege, sondern eine Gewinnausschüttung der A_NV. Aufgrund der Ermittlung des Finanzierungsaufwands nach Massgabe der Gewinnsteuerwerte basierend auf dem Gewinnsteuerwert der A_NV resultierte faktisch kein Beteiligungsabzug.
Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern wies die Rechtsmittel der A_AG ab, wohingegen das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil 100.2015.216/217U vom 12. Mai 2017 diese guthiess. Die Steuerverwaltung erhob daraufhin Beschwerde beim Bundesgericht
Das Bundesgericht erachtet den Rechtsgrund für die Zusatzvereinbarung in der Höhe von EUR 87.6 Mio. nicht im Kaufvertrag, sondern in der gesellschaftsrechtlichen Beziehung zwischen A_AG und der A_NV. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei nicht von einer Ergänzung auszugehen, sondern der ursprüngliche Vertrag sei faktisch rückabgewickelt und anschliessend durch einen echten Kaufvertrag ersetzt worden (E. 2.3.2). Eine Rückabwicklung werde aber nur dann steuerlich akzeptiert, wenn beim ursprüngliche Kaufvertrag ein Willensmangel vorlag (z.B. Grundlagenirrtum i.S.v. Art. 24 Abs. 1 OR), was vorliegend nicht geltend gemacht worden sei (E. 2.4.1). Weiter kam es zum Schluss, dass der Tatbestand der verdeckten Gewinnausschüttung erfüllt sei (E. 2.6), da nach Vollzug des ursprünglichen Vertrages eine weitere Leistung im Umfang von EUR 87.6 Mio. ausgerichtet wurde (E. 2.5.2) und diese in einem offensichtlichen Missverhältnis zur ursprünglichen Summe stand (E. 2.5.3). Das Bundesgericht hiess die Beschwerde der Steuerverwaltung gut.
